Bár a Queen kereskedelmileg mindig is sikeres volt, a zenei szaklapoktól, mint a Rolling Stone és az NME gyakran kapott elmarasztaló kritikákat. Miközben az 1970-es években ezek a kritikusok örvendezve fogadták a minimalista punk rock előadókat, a túltermelt dalokkal rendelkező Queen-albumokat fanyalogva fogadták. Mercuryt és az együttest az 1980-as években széles körben elmarasztalták azért, mert koncerteket adtak az ENSZ bojkott alatt lévő, apartheidista Sun Cityben, és egyes diktatórikus Dél-Amerikai államokban. Ezek következtében az ENSZ feketelistájára kerültek, és a szaksajtóban is heves kritikák érték őket. Az együttes tagjai különböző interjúkban védekeztek, azt állították, hogy ők csak a tömeget akarták szórakoztatni. Újabb vita merült fel személyéhez kapcsolódóan 1999-ben, amikor a Millenniumi bélyegsorozat részeként Mercury tiszteletére is kibocsátottak egy sorozatot. Több újságíró úgy vélte, hogy Mercury túl vad és elfajzott életet élt ahhoz, hogy ilyen megtiszteltetés érje. További vitákat okozott, hogy a megjelent bélyegen a háttérben kivehető volt Roger Taylor dobos alakja, az akkori törvények szerint ugyanis a királyi család tagjain kívül csak elhunyt személyek szerepelhettek bélyegen. 2006 augusztusában, születésének hatvanadik évfordulójára a zanzibári kormány nagyszabású ünnepségeket szervezett, de egy iszlám fundamentalista szervezet tiltakozott ez ellen, mert Mercury nem élt tisztes életet, homoszexualitása pedig szemben állt az iszlám törvényekkel.