A legvalószínűbb feltevések szerint Mercury már 1987-ben elkapta a HIV vírust. Ezt a nézetet támasztják alá az ezután megritkult stúdiólemezek, és a teljesen abbahagyott koncertek. 1988 után szinte alig mutatkozott a nyilvánosság előtt. A lesifotósok képein egyre soványabb, szakállas Freddie Mercury egészségi állapotával kapcsolatos találgatások szinte folyamatossá váltak. Mivel már 1989-ben külsőleg is felfedezhetők voltak a tünetek, a sajtó gyakran cikkezett az egészségi állapotáról, titokzatos betegségeket találgatva, sőt, emlegették az AIDS betegséget is vele kapcsolatban. Ritka nyilvános szereplései alkalmával az egykori partysztár visszahúzódó főnemes benyomását keltette. Ugyanakkor folyamatosan és fantasztikus lendülettel dolgozott a Queen svájci és londoni stúdiójában, melyek eredményeként a zenekar 1989-ben és 1991-ben is új albummal jelentkezett. A zenekar tagjaival 1989. május 22-én tudatta az állapotát. Az utolsó Queen munka, melyben részt vett, a These Are the Days of Our Lives dal videoklipje volt. Ekkorra már szembeötlő volt leromlott egészségi állapota, bőrét a Kaposi-szarkóma sebei lepték el. 1991 őszén, soványan és betegen már azzal a tudattal énekelte szalagra a Queen drámai dalait, hogy azokat a közönség már csak a halála után fogja hallani. 1991. november 23-án közleményben tudatta a világgal, hogy AIDS betegségben szenved.[5] A háza előtt fotósok és operatőrök százai gyűltek össze – a tömeget a rendőrség tartotta féken. Mivel az elmúlt két évben annyiféle találgatást olvastam a lapokban, szeretném bejelenteni, hogy a vizsgálatok HIV-pozitívnak mutattak és AIDS-ben szenvedek. Úgy tartottam helyesnek, hogy nem hozom nyilvánosságra a dolgot, azok érdekében, akik a környezetemben élnek. De eljött az idő, hogy barátaim és rajongóim megtudják az igazat, és remélem mindenki csatlakozik hozzám, orvosaimhoz és mindazokhoz, akik szerte a világon küzdenek ez ellen a szörnyű kór ellen. Másnap, 1991. november 24-én, vasárnap este aludt el örökre. Két nappal később, zárt körű - szülei kérése szerint zoroasztriánus temetésen vettek búcsút tőle. Fekete koporsóját egyetlen szál vörös rózsa díszítette, útját Aretha Franklin dala kísérte. Testét elhamvasztották, hamvait máig ismeretlen helyre szállították (egyes információk szerint azt a szülei őrzik). A Genfi-tó partján álló szobra és londoni háza egyaránt a rajongók zarándokhelye. A Queen megmaradt tagjai megalapították a Freddie Mercury Phoenix Trust-ot, amely egy AIDS ellenes szervezet, és megszervezték a Freddie Mercury emlékkoncertet, amelynek teljes nyereségét az alapítvány javára utalták.